в квитанции по зарплате появилась графа -долг учереждения . Что это значит ?

Расчетный листок наверное! !
если долг учреждениия значет учреждение вам должно, а еще лучше спросите у своего бухгалтера! !
может вам выдали расчетный листок за февраль где вы получили только аванс, а з/п за февраль тока в начале марта вот он и долг!