Может ли юр лицо по договору оплатить наличностью физ лицу? Какой размер перечисления наличностью?

Ну и вопрос! Все в кучу смешали: и перечисление наличностью и оплату. Надо смотреть за что вы хотите выплатить деньги. По договору гражданского характера вы можете платить сколько хотите: вы же делаете начисление ему зарплаты, удерживаете налог НДФЛ, эти деньги на выплату получаете в банке, ну и выплачивайте, что ему причитается.
Если это касается предпринимательства, то в рамках предпринимательской деятельности максимальный размер расчетов наличными деньгами составляет 100 000 руб. Это ограничение распространяется на наличные расчеты:
• между организациями;
• между организацией и индивидуальным предпринимателем;
• между индивидуальными предпринимателями.
Об этом сказано в пункте 1 указания Банка России от 20 июня 2007 г. № 1843-У.

законодательством РФ не установлен лимит расчетов наличными между юридическим и физическим лицами.

Скорее всего, оплатой физическому лицу по договоруу в рунете принято считать оплата его труда по договору гражданско - правового характера. По договору подряда, например. Пожалуйста, платите, только не забывайте от начисленной суммы, указанной в договоре, удержать и оплатить НДФЛ в размере 13%, а также страховые взносы в ПФР (22%) и ФФОМС (5.1%). Что же касается так называемого лимита наличных, то между предприятиями и физическими лицами (не ИП) его нет.