тИЦ рассчитывается для всего ресурса.
Насчет количества внутренних ссылок - раньше считалось, что более 100 - много. http://seom.info/2011/02/14/vnutrennie-ssilki/
Но правило давно устарело. Как и то, что закрыв ссылки nofollow удастся удержать вес страницы. Об этом можно прочесть тут: http://ru.wikipedia.org/wiki/PageRank в разделе "Скульптурирование PageRank"
И заодно посчитать количество внутренних и внешних ссылок хотя бы на этой странице википедии. Внутренних ссылок там более 150, а общее число ссылок на этой странице - 307.
Если следовать этому устаревшему правилу, то яндекс должен свой маркет поставить в конец выдачи за количество внутренних ссылок, а википедию и новостные сайты типа BBC стоит вообще выкинуть из всех поисковиков.
Так что единственное, к чему может привести такое меню - иное распределение значимости страниц (если она не прописана в sitemap). Если нет указания приоритета, то поисковик расчитывает его самостоятельно - главная страница - 1-й уровень, все страницы, на которые есть ссылки с главной - второй, и т. д.
Да и все внутренние страницы обычно имеют обратную ссылку на главную. Так что ничего лишнего не "утечет", а для регулирования внутреннего веса есть sitemap, что гораздо удобнее, чем ковыряться с каждой ссылкой.