организация работает без НДС. на наш р/счет перечислили деньги с учетом НДС 18%. Что делать?

Да ситуация такая, что при налоговой проверке, налоговики могут обязать Вас уплатить НДС. Но этот вопрос разрешим;
1. Не отгружаете товар пока Ваш покупатель не сделает следующее:
Он обязан, написать письмо в свой банк, об уточнении назначения платежа, мол допущена ошибка просим считать назначение платежа к примеру (Оплата за ТМЦ по счету № 5 от 07.04.13г. БЕЗ НДС) . Его банк сделает корректировку и передаст письмо в Ваш банк. Это письмо отдадут Вам и Вы его подколете к платежному поручению. Все!
2. Если уже прошло 5 дней, банк может отказать в проведении такой корректировки платежа, то Просите Вашего покупателя самостоятельно написать Вам письмо об этой ошибке, за подписью директора и мокрой печатью. Это письмо и свой счет (где видно, что Вы выставили без НДС) подкатываете к платежке. Заключите договор на поставку товара, в котором четко будет прописано, что все оплаты производятся БЕЗ НДС.
Такие разовые ошибки налоговики понимают и не выставляют требований к уплате