Если организация на упрощенке и им выставили счет с ндс, как она должна оплатить этот счет?

Назначени платежа именно такое - как в Счете- т. е. с выделением НДС

то, что вы на усно, не имеет никакого значения. на какую сумму вам выставили - ту и платите, указывая в. т. ч ндс столько-то.