В смете по ремонту здания указан НДС отдельной строкой. Конкурс выиграло ООО, который не платит НДС.

В смете по ремонту здания указан НДС отдельной строкой. Конкурс выиграло ООО, который не является плательщиком НДС. В договоре НДС указан, а счет-фактуру получили общей суммой и в графе налоговая ставка и сумма налога стоят 0,00. Оплату провели полностью и в платежке указали, что НДС не облагается. Вопрос: Верно ли все сделано а если не верно то, что следует сделать? ? Спасибо!!!