Есть вопрос: при день-ночь-48,не вырабатывается годовые часы рабочего времени

Проверьте арифметику, есть ошибка. В 2013 году средне месячная норма часов. 164,2 часа. При вашем графике, даже если брать в среднем 15,3 смены по 11 часов уже получается 168,3 часа, у вас в январе плюсом 45 часов. Недоработка возможна только в апреле, августе, октябре. Ну а если на самом деле недаработка, придется оплачивать простой 2/3 средней зарплаты за каждый час не доработку, после завершения учетного периода.