Будучи в длительной командировке, твою квартиру сдали в аренду неизвестные, куда писать заявление ?

Попробуй написать президенту, если не ответит, тогда уже в прокуротуру

откуда у неизвестных ключи? кто собственник квартиры? есть ли у кого-то ещё доступ в Вашу квартиру? заявление нужно писать в милицию. дальше нанимать адвоката, разбираться и требовать компенсацию с мошенников.

и в прокуратуру

и в милицию

Лишним не будет - пиши по всем инстанциям. А их и не так много : полиция, прокуратура.

Если ты собственник-то это мошенничество, и тут без милиции никак. Ну или полиции)