Вполне законно. Если Вашим трудовым (коллективным) договором предусмотрены условия раздельных выплат, то - пожалуйста. Так как аванс является составной частью з/п, и если по поводу его выплаты в вышеуказанных договорах присутствуют особые условия (как в Вашем случае) , выплата наличным/безналичным путем не противоречит нормам действующего законодательства РФ.
Заработную плату через кассу можно выдать или по расчетной ведомости (расчетно-платежной) , или по РКО. (п 4.2. Положения от 12.10.2011 № 373-П "О порядке ведения кассовых операций с банкнотами и монетой Банка России на территории Российской Федерации".
Но разделение способов оплаты не всегда удобно. К примеру, если Ваш сотрудник оформляет потребительский кредит в банке, в котором и получает заработную плату, можно не предоставлять справку формы 2-НДФЛ, а банк берет выписку с его карточного счета (по зарплатному проекту) , если вся начисленная з/п перечисляется в банк, в противном случае (несколько источников выплаты) ему нужно предоставлять в банк справку формы 2-НДФЛ. Но это, как говорится, уже другая история...