Как и когда сформировать саженцы яблони (им 3 года).

Как - это сами решите. Есть разные типы крон, которые формируют.
Формировать можно в любое время.
Во-первых представьте какую кроны вы хотите
Правило второе - резать в крайнем случае и лучше весной.
Те ветки, что составят формовку не трогайте. Не обрезайте и не прищипывайте.
Те ветви составляющие крону, которые обгоняют отстающие отклоните к низу подвязывая веревками к колышкам, или к стволу. Те, что отстают, наоборот приведите в вертикальное положение, чтобы росли интенсивнее. Также отклоненные в сторону можно привести в нужное положение.
Те, ветви, что не войдут в формировку, прищипывайте, чтобы не росли и отогните вниз
Если обрезать сильно дерево сейчас, то это ослабит его. Листья дают дереву силу.
Потому окончательную обрезку сделаете грядущей ранней весной до распускания почек.
Сейчас прищипываются все пробуждающиеся почки, что дают побеги внутрь кроны, а также выламываются зеленые волчки внутрь кроны.
При прочих равных условиях обрезке подлежат те ветви, что имеют острый угол отхождения от ствола, потому что они обламываются под тяжестью урожая