Подскажите пожалуйста, если выдать деньги под отчет на гсм, должен ли на фирме числиться автомобиль

Расходы связанные с ГСМ всегда должны быть подтверждены путевыми листами и платежными документыми. Самое простое это оформить компенсацию за использование личного автомобиля работника в служебных целях (выплата производится в тех случаях, когда работа по роду производственной (служебной) деятельности связана со служебными разъездами в соответствии с должностными обязанностями, документом, подтверждающим такую необходимость, может служить должностная инструкция, ну вообщим выплаты должны быть обоснованными) , но для того что бы у работника не возникало обязанностей по налогам и предприятие могло учесть эти расходы для налога по прибыли, авто должно принадлежать этому работнику (быть его собственностью, а не управлять авто по доверенности) , такая компенсация должна быть предусмотрена в трудовом договоре или в доп. соглашении к ТД. Сумма выплаты (в пределах норм) в таком случае зависит от объема двигателя авто:
- по легковым автомобилям с рабочим объемом двигателя до 2000 куб. см. включительно сумма компенсации составляет 1200 руб. в месяц;
- по легковым автомобилям с рабочим объемом двигателя свыше 2000 куб. см. сумма компенсации составляет 1500 рублей в месяц.
Если такая сумма будет покрывать расходы на ГСМ, то лучше оформить компенсацию (не на ГСМ) . По соглашению компенсация может быть гораздо больше, но в таком случае будут налоги.

числиться не обязательно
можно выплачивать компенсацию за использование личного авто в служебных целях.

можно компенсировать расходы на ГСМ при использовании авто в служебных целях.

(собирать рабочих по пути на работу - это НЕ служебные цели)

Так арендуйте у него авто. Главбуха наймите.