Я так полагаю, что по этому договору были проводки - поэтому она и не дает изменить условия - т. к. там все эти проводки станут неправильными.
Возможно отменить все движения. связанные с этим договором - тогда можно будет внести исправление в договор, а потом снова провести. Но это может быть очень кропотливая задача. К тому же перепроводить задним числом - могут какие-то расхождения вылезти. И вам нужно будет еще убрать ваши ручные начисления НДСа.
Кстати, а какой НДС вы вбиваете вручную? В смысле - поля в документе вручную заполняете или ручные проводки рисуете? Если ручные проводки - надо помнить, что надо делать проводки не только по счетам бух. учета, но и по регстрам 1Са, где он учитывает НДС - их штук 10 разных.
А может - ничего не поможет - надо звать программиста - пусть обработочку нарисует, которая в договоре насильно поставит что надо. Но потом все равно надо все вдумчиво переделать и перепровести и возможно отменить свои ручные творения.
У меня была аналогичная ситуация в 1С 7.7 - у пред. бухгалтера была другая технология - он не ставил галочку про автоматический учет НДС (не помню уже как это точно называется) . Мне чтобы эту галочку поставить в старых счетах (а их была почти сотня) - пришлось обработку написать. Просто вручную эту галочку уже нельзя было поставить - она в этих счетах (договорах) была недоступна. А потом оказалось, что по этим счетам она 2 раза НДС посчитала. Пришлось еще какую-то обработку написать. Короче, подробностей уже не помню, но помудохаться пришлось. Вот такая она - тема изменения параметров учета НДС задним числом.