Моя мама имеет дом и прописала в нем моего мужа. Может она его выписать имея его паспорт на руках.

Снятие с регистрационного учета (выписка) возможна только на основании вступившего в законную силу судебного акта. Основанием для выселения, к примеру, может послужить: а) зарегистрированное в квартире лицо (не собственник) перестало быть членом семьи собственника квартиры. б) зарегистрированное лицо является членом семьи бывшего собственника квартиры.

Может, но только в случае, если у нее на руках, кроме паспорта Вашего мужа, будет нотариальная доверенность именно на снятие с регистрационного учета и нотариальное заявление, в котором ваш муж выразит желание сняться с регистрационного учета. Это все только в случае ЕГО желания "выписаться". А иначе только по решению суда (в этом случае даже его паспорт не нужен будет)