Каких курочек оставить, которых предпочитают петухи и которые из них несутся лучше?

Конечно тех, которые лучше несутся. Вам ведь нужны яйца? Тогда какая разница, будут они оплодотворёными или нет. Даже лучше, если яйца, будут "пустышками", ведь они дольше сохраняются свежими.
P.S. А петухи никуда не денутся, просто у них будут другие "любимицы".