1. Налоговая инспекция сама ничего из реестра "не вычеркивает". У налоговиков действительно есть право самостоятельно ликвидировать организацию, не ведущую деятельности и не предоставляющую отчетность более года, но только в том случае, если у этой организации нет долгов.
Так что, увы, ООО с долгами по налогам и взносам налоговая инспекция сама не ликвидирует никогда.
2. Налоговая инспекция также не может обратиться сама в суд для ликвидации общества. По очень простой причине - у него нет имущества, которое можно было бы реализовать и оплатить хотя бы часть долга, а также услуги арбитражного управляющего.
3. Если организация имеет все признаки банкрота, то ликвидация (через процедуру банкротства) - это именно обязанность, а не право. Причем обязанность как руководителя организации-должника, так и его учредителей.
Статья 9 закона "О несостоятельности (банкротстве) " от 26.10.2002 № 127-ФЗ гласит, что руководитель организации-должника обязан направить в суд заявление о признании должника банкротом в случае невозможности исполнения обязательств перед кредиторами либо если должник отвечает признакам неплатежеспособного, т. е. если налицо все признаки банкротства. А к таковым относится невозможность отвечать по денежным обязательствам в течение трех месяцев и более, если сумма этих обязательств 100 тыс. руб. и более. Кстати, задолженность по налогам и взносам тоже к таким обязательствам относится. Срок подачи заявления - месяц со дня возникновения такой ситуации.
Статья 10 все того же закона гласит, что ответственность за непредставление заявления в суд о признании должника банкротом несет не только руководитель должника, но его учредитель (субсидиарно) .
Таким образом, если у организации есть долги более 100 тыс. руб. (неважно перед кем - перед налоговой инспекцией достаточно) и "висят" они без оплаты более 3-х месяцев, то в течение месяца учредитель обязан был подать заявление в суд о признании ООО банкротом.
Этого не сделано.
Следовательно, налоговая инспекция (поскольку это - именно ее обязанности) направила материал по должнику в прокуратуру.
Прокуратура совершенно законно обратилась к учредителю с требованием исполнить закон - подать заявление в суд о признании должника банкротом.
Кроме того, руководитель должника за неподачу заявления о признании должника несостоятельным (банкротом) несет еще и административную ответственность - по пункту 5 сатьи 14.13 КоАП.