За счёт усиления колебаний полярных молекул (обычно это вода) в переменном электромагнитном поле СВЧ.
За счёт РЕЗОНАНСНОГО разогрева. Частота излучения в СВЧ-печке равна часоте собственных вращательных колебаний молекул воды (да-да, у сложных молекул могут быть собственные частоты колебаний!) . Молекула воды - дипольная молекула, т. е. внешнее электрическое поле стремится изменить её ориентацию. Ну и как при всяком резонансе, если внешняя частота совпадает с частотой собственных колебаний, происходит эффективная передача энергии внешнего воздействия самой системе (молекуле) . А вода есть в любом пищевом продукте, даже в сухарях.
За счет испускаемого или генерированного электромагнитного излучения магнетрона или клистрона.
Магнетрон создавался не для печей. Это побочный эффект. Учитывая сегодняшний уровень развития науки, точно никто не скажет. Говорят, что молекулы колеблются и трутся друг о друга, поэтому нагрев.