ндфл и вычет

к какой всей сумме? вычеты применяются относительно начисленной з/п (хоть за полный месяц, хоть за 5 дней, смотря сколько отработал сотрудник) . Считайте его з/п за отработанные дни и предоставляйте вычет.

Выдавайте зарплату "чистыми", без удержанного НДФЛ
Если сумма стандартных налоговых вычетов окажется больше суммы доходов, облагаемых налогом по ставке 13 процентов, то разница между этими суммами переносится на следующие месяцы налогового периода. В том случае когда у налогоплательщика вообще не было доходов в отдельные месяцы, то налоговые вычеты накапливаются с начала отчетного периода.
Стандартные налоговые вычеты не могут быть перенесены на следующий год. Перенос допускается в рамках одного налогового периода (календарного года) . Например, в отдельные месяцы налогового периода у налогоплательщика не было дохода. Стандартные налоговые вычеты за это время накапливаются и предоставляются в том месяце налогового периода, в котором будет начислен доход, облагаемый по ставке 13% (Письмо Минфина России от 06.05.2008 № 03-04-06-01/118).
Надо отслеживать доходы сотрудника с начала года.
Сотрудник вправе воспользоваться стандартным налоговым вычетом в размере 400 руб. в месяц до того месяца, в котором доход работника, рассчитанный нарастающим итогом с начала года, не превысит определенной суммы. В 2009 г. она составляет 40 000 руб. (пп. 3 п. 1 ст. 218 НК РФ в редакции Закона № 121-ФЗ) .
Размер вычета на одного ребенка в 2009 г. составляет 1000 руб. за каждый месяц налогового периода. Такая поправка внесена в пп. 4 п. 1 ст. 218 НК РФ п. 2 ст. 1 Федерального закона от 22.07.2008 № 121-ФЗ «О внесении изменений в статью 218 части второй Налогового кодекса Российской Федерации» . Вычет на ребенка предоставляется налогоплательщику до тех пор, пока величина его дохода, полученного с начала календарного года, не превысит 280 000 руб. Начиная с месяца, когда доход работника стал больше этой суммы, вычет не применяется.