УСН (Доходы) Как платить 6%?

Интересная позиция. А поступления через кассу тогда как назвать-левые доходы. Вся выручка от деятельности, независимо как она поступила, считается доходом. Если только у вас стоит левый кассовый аппарат, который не зарегистрирован, то да, это не доход, это левый доход. Так все что поступило на расчетный счет и то что поступило через кассу, все это доход.

Татьяна права, у Вас же нет ЕНВД для тех доходов которые прошли через кассу? Весь доход: р/с+касса *6%.

берёте в расчёт 100%,и путём математических вычеслений высчитываете 6 %

Татьяна полностью права. Позиция бывшего гл. буха даже не интересная, а странная, потому что если кассовый аппарат без регистрации, она должна была Вас поставить в известность. А если нет, то доход от реализации облагается налогом.

Статья 346.15. Порядок определения доходов

1. Налогоплательщики при определении объекта налогообложения учитывают следующие доходы:
(в ред. Федерального закона от 21.07.2005 N 101-ФЗ)
ДОХОДЫ ОТ РЕАЛИЗАЦИИ, определяемые в соответствии со статьей 249 настоящего Кодекса;
(в ред. Федерального закона от 21.07.2005 N 101-ФЗ)
внереализационные доходы, определяемые в соответствии со статьей 250 настоящего Кодекса.
При определении объекта налогообложения не учитываются доходы, предусмотренные статьей 251 настоящего Кодекса.
(абзац введен Федеральным законом от 31.12.2002 N 191-ФЗ, в ред. Федерального закона от 21.07.2005 N 101-ФЗ)
Не учитываются в составе доходов доходы в виде полученных дивидендов, если их налогообложение произведено налоговым агентом в соответствии с положениями статей 214 и 275 настоящего Кодекса.
(абзац введен Федеральным законом от 21.07.2005 N 101-ФЗ)

В статье 251 перечень длинный, но к Вашей ситуации это вроде не относится.
Налоговый Кодекс должен быть Вашей настольной книгой )