Как платить на УСН "доходы" только 1%?

"Слышал про одно ЮЛ")
УСН "доходы" ставка 6% от всех доходов (выручки), 1% может быть в каком-то регионе, но их очень мало и в Москве точно не 1%.
УСН "доходы минус расходы" - ставка 15% или меньше (в разных регионах есть льготные ставки) от разницы между доходами и расходами. Но если 15% от этой разницы будет меньше, чем 1% от дохода, то нужно платить именно 1% от дохода - это называется минимальный налог.
Вывод: Ваш знакомый на УСН "доходы минус расходы" и платит 1% от дохода, потому что у него расходы или превышают доходы или немного меньше доходов.

Сама программа "НАЛОГОПЛАТЕЛЬЩИК ЮЛ" не даст сделать вопреки закона.

когда расходы превысили доходы, то фиксированный платеж в размере 1% все равно нужно платить

Вы наверное путаете со взносами. Теперь, если ваш доход превысит 300000 рублей, то вы должны будете отчислять еще 1%

Возможно платит по новым правилам, т. к. с 2016г. согласно НК РФ, часть 2:
Статья 346.20 Налоговые ставки
1. В случае, если объектом налогообложения являются доходы, налоговая ставка устанавливается в размере 6 процентов. Законами субъектов Российской Федерации могут быть установлены налоговые ставки в пределах от 1 до 6 процентов в зависимости от категорий налогоплательщиков".

Т. е. регионы сами определяют ставку для УСН. Если объект налогообложения "Доходы", то ставка может быть 1-6%.