если ООО не имело дохода в течении года, то сколько оно должно заплатить и куда?

Все зависит от системы налогообложения. Если вы на ОСНО то естественно не платите Налог на прибыль, НДС. Если есть несамартизированные основные средства то обязаны платить Налог на имущество. Если начислялась зарплата в 2009г должны были платить ЕСН, НДФЛ, Страховые взносы в ФСС от НС и ПЗ. С 2010г ЕСН отменен. Но при начислении зарплаты в 2010г вы обязаны платить страховые взносы в фонды.
Если вы на УСН, то единый налог при УСН вы не платите. Если начислялась зарплата в 2009г так и в 2010г вы обязаны были платить Страховые взносы в ПФР, и страх. взносы в ФСС от НС и ПЗ, НДФЛ.
Если вы на ЕНВД и не снялись с учета как плательщик ЕНВД, то единый налог оплачивать вы обязаны (так считает Минфин) , но что замечательно ФНС и некоторые налоговики "на местах" разрешают сдавать "нулевые" декларации по ЕНВД и соответственно не оплачивать единый налог. По зарплате все также как у ООО на УСН.
Независимо от системы налогообложения вы обязаны оплачивать:
- если есть транспорт - транспортный налог,
-если есть земля - земельный налог.
Декларации по всем налогам и сборам вы сдавать обязаны, несмотря на отсутствие деятельности.

если не было деятельности - то ничего и никуда. а если не было именно дохода - то будет зависеть от системы налогообложения.

Не было дохода-Ваши проблемы, а налоги (не все) надо платить. А куда платить-это Вы спрашиваете только сейчас?

должно заплатить ООО сумму налога, которую он платит на протяяжение всего времени отчетности предоставляемой в налоговую, независимо от того имеет ли оно доход или нет !!!и в ПФР....)))