Подскажите, как правильно поступить? =>

Конечно выгоднее сделать собственником руководителя, а ему в свою очередь сдать это здание в аренду своему же предприятию, в этом случае налог на имущество меньше. к тому все затраты сам руководитель нес, а не предприятие.

Лучше наверно взять в аренду, или вариант купли-продажи. Но, думаю, что аренда лучше. Налог на имущество не более 2,2%.
А потом не понятно, как могли оформить в собственность на предприятие, если не рубля нет затрат. Вообщем все шло через пень- колоду. Вообщем наваляли дров, теперь бухгалтерия должна во всем этом разбираться, мрак.

Мне тоже абсолютно не понятно как вы смогли зарегистрировать право собственности на недвижимость за предприятием (юрлицом) , если затраты по строительству несло полностью физлицо. Либо все-таки есть (либо был) Договор купли-продажи между физиком (вашим директором) и юриком (вашим предприятием) . Опять же где суммы оплаты? Либо недвижимость могла вноситься как взнос в УК.
В любом случае возможен такой вариант.
При обнаружении фактического наличия имущества (или документов о собственности на него) , неучтенного на балансе организации, следует провести инвентаризацию и по ее результатам оприходовать здание. Согласно Методическим указаниям по инвентаризации имущества и финансовых обязательств (приказ Минфина России от 13.06.1995 N 49) инвентаризации подлежит все имущество организации независимо от его местонахождения и все виды финансовых обязательств.
При выявлении объектов, не принятых на учет, а также объектов, по которым в регистрах бухгалтерского учета отсутствуют или указаны неправильные данные, характеризующие их, комиссия должна включить в опись (форма N ИНВ-1 утверждена постановлением Госкомстата РФ от 18 августа 1998 г. N 88) правильные сведения и технические показатели по этим объектам.
Оценка выявленных инвентаризацией неучтенных объектов должна быть произведена с учетом рыночных цен, а износ определен по действительному техническому состоянию объектов с оформлением сведений об оценке и износе соответствующими актами.
В пунктах 36 и 29 Методических указаний по бухгалтерскому учету основных средств, утвержденных приказом Минфина России от 13.10.2003 N 91н, установлено, что неучтенные объекты ОС, выявленные при инвентаризации, принимаются к бухгалтерскому учету по текущей рыночной стоимости. Они отражаются по дебету счета учета основных средств в корреспонденции со счетом прибылей и убытков в качестве прочих доходов.
Под текущей рыночной стоимостью понимается сумма денежных средств, которая может быть получена в результате продажи указанного актива на дату принятия к бухгалтерскому учету. При определении текущей рыночной стоимости могут быть использованы данные о ценах на аналогичные основные средства, полученные в письменной форме от организаций-изготовителей; сведения об уровне цен, имеющиеся у органов государственной статистики, торговых инспекций, а также в средствах массовой информации и специальной литературе; экспертные заключения (например, оценщиков) о стоимости отдельных объектов основных средств.
Основные средства принимаются к бухгалтерскому учету на основании утвержденного руководителем организации акта N ОС-1а "Акт о приеме-передаче здания (сооружения) ", утвержденный постановлением Госкомстата России от 21.01.2003 N 7. Этот Акт вместе с технической документацией передается в бухгалтерию организации, которая на его основании открывает инвентарную карточку.
В бухгалтерском учете объекты основных средств, выявленные в процессе проведения инвентаризации, отражают в случае их фактической эксплуатации или полной готовности к эксплуатации по дебету счета 01 и кредиту счета 91, субсчет "Прочие доходы".
Для начисления амортизации по объектам ОС, выявленным в результате инвентаризации, ПБУ 6/01 исключений не устанавливает. Следовательно, начиная с месяца, следующего за месяцем принятия помещения к учету в составе ОС, организация в течение срока его полезного использования ежемесячно начисляет амортизационные отчисления в составе расходов.
В соответствии с п. 1 ст. 374 НК РФ объектом обложения налогом на имущество организаций для российских юридических лиц признается движимое и недвижимое имущество, учитываемое на балансе в качестве объектов основных средств в соответствии с установленным порядком ведения бухгалтерского учета. Таким образом, стоимость основного средства должна учитывать

Если учредитель вкладывал свои средства, то и владельцем быть нужно ему.
А предприятие пусть берет здание в аренду. Так надежней будет.

Сделайте руководителя собственником. А вООО сдайте в аренду. Налог на имущество вы все равно будете платить но у частного лица он меньше.

В случае регистрации здание на ООО о налоге на имущество речи быть не может, потому что в условиях вопроса написано "ЕНВД и УСНО", а это освобождает ООО от уплаты налога на имущество. Действительно непонятно как умудрились зарегистрировать на предприятие. Просто если здание зарегистрировано на ООО то тут как ни крути а придётся учитывать на балансе этого же ООО. Для этого нужно поднимать документы на основании которых юстиция произвела гос. регистрацию и соответствующим образом отображать в учёте ООО (это в любом случае) . На мой взгляд если здание не представляется каким-то стратегическим объектом, то проще собственнику внести его в уставный капитал ну или же раз так получилось то пусть и числится на балансе ООО (налога на имущество в данном случае не будет) . В случае аренды можно избежать разного рода рисков изъятия или арестов недвижимости (здания) , но придётся собственнику отчитываться и платить НДФЛ. Тут надо анализировать в каждом конкретном случае, ибо не всегда решение может быть продиктовано исключительно прямым финансовым интересом.