Правильно ли оформление акта о сдаче работ позднее счета-фактуры?

А на каком основании Вы можете выставить счет-фактуру до сдачи работ? Если был аванс - то выставляете авансовый счет-фактуру на сумму аванса. Другой счет-фактуру можно выставить только по факту отгрузки или сдачи-приемки работ.

Счет-фактура должен быть выставлен покупателю не позднее пяти календарных дней считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг) , со дня передачи имущественных прав или со дня получения сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) , передачи имущественных прав. Такое требование установлено п. 3 ст. 168 НК РФ.
Иногда поставщики (исполнители) выставляют счета-фактуры до того, как у них появляется основание это сделать (например, выставляют "отгрузочный" счет-фактуру до отгрузки) . Контролирующие органы выступают против этого, указывая на то, что в Налоговом кодексе РФ такой порядок не предусмотрен (Письмо Минфина России от 02.07.2008 N 03-07-09/20). В то же время формулировка п. 3 ст. 168 НК РФ не содержит запрета на выставление счета-фактуры в более ранние сроки.
Кроме того, какой-либо ответственности за нарушение срока выставления счета-фактуры Налоговый кодекс РФ не установил.
В то же время задержка с выставлением счета-фактуры может негативно сказаться на ваших отношениях с покупателем (заказчиком) , поскольку только на основании этого документа он сможет принять к вычету "входной" НДС.
Однозначно правильно выставить счёт-фактуру можно только на полученный от покупателя вами аванс. Это называется "счёт-фактура на аванс", по ней они имеют право возместить входной НДС ещё до момента фактической отгрузки, возможно как раз этого они и хотят?)) )

Допустимо.
В счёт-фактуре могут быть указаны предполагаемые работы. А на основании акта произведён перерасчёт.