Может ли быть на один акт вып-х работ 2 сч-фактуры - акт на 100000, а сч-ф на 40000 и 60000?

Законом не запрещено, но учетные программы, если вы их используете, имеют всевозможные ограничения и допущения. В Вашей программе такая операция может вызвать нежелательные последствия при оформлении книги покупок/продаж и при формировании декларации по НДС. Если в себе уверены, готовы выполнять нетипичные операции, вносить исправления при необходимости вручную, тогда используйте. Желательно этому дать обоснование, так как независимо от даты выставления счетов фактур для учета налогов признается дата реализации или дата покупки.

У меня выписка дополнительной счет-фактуры вызвала проблемы при формировании книги покупок. Справились, тем боле что я программист 1С :) У нас, правда, чаще была обратная ситуация - одна счет-фактура, а в ней - реализация товара и реализация услуг. Как понимаете, услуги оформляются Актом, товар - накладной ТОРГ-12, а счет-фактура - одна. Проверки выездной пока не было, а аудиторы ничего на эту тему не сказали :)

почему бы и нет, допустим в акте два вида работ: доставка и установка, в учетной политике может быть указано, что счета-фактуры на доставку выставляются и регистрируются в книге продаж обособленно от счетов-фактур на установку. По крайней мере, законодательно это не запрещено.

Нет. Наоборот под несколько накладных (актов) , за период от 1до 5 дней выписывают одну с/ф.

Да, если вы получили аванс на 40000 руб, а остальное позже. Так как в связи с нововведениями, при оплате аванса покупатель может принять к вычету входной НДС, а поставщик обязан выставить сч-фактуру на этот аванс. Читайте изменения в НК.