ФСС принял к возмещению не всю сумму начисленного и выплаченного больничного по беременности и родам

Узнайте в ФСС в чем причина, просто, а скорее всего они приняли все к зачету, но с учетом данных сданного отчета (поиграйте цыфрами и найдете разницу) перечислили меньше. У меня именно так и было. И, если нет ошибки в вашем расчете, то вы просто не платите взносы до полного урегулирования сумм.
Ну а если допустили ошибку, или директор вам разрешает доплачивать до среднего заработка, то тут нужно и НДФЛ удержать, и, скорее всего - взносы доначислить. Прибыль - не уменьшаем.

НДФЛ - одозначно придется начислить!
И в пРибыль - не брать! Т. к. ИФНС считает доплаты больничных - непроизводственные!
Смотрите Письмо от 23.12.09 №03-03-05/248

отнесите за счет чистой прибыли организации, те на расходы не уменьшающие налогооблагаемую прибыль
тогда и взносы начислять не придется

вам придется доплатить налог в фсс
смотрите сальдо конечное после получения ден. ср-в из фсс
это и будет сумма к уплате
эту сумму вы в отчете 4-фсс поставите в раздел "не принято к зачету расходов"

отнести на затраты как простой больничный лист, т. е. за счет предприятия. (20,26,23,25,44 в зависимости от деятельности) . НДФЛ не удерживается, потомучто это по беременности и родам, хоть кто его оплатил, и взносы на любые компенсации не начисляются. Вы ошиблись в пользу работника, можно конечно отнести за счет прибыли, , тогда ни у кого не будет вопросов вообще, кроме директора.