Руководитель купил машину в кредит. Собирается сдать в аренду фирме.

Кредит будет выплачивать, тот кто брал кредит, другое дело можно сумму аренды по договору аренды любую предусмотреть, также в договоре аренде нужно прописать, что ТО и ГСМ за счет арендатора.
Транспортный налог должен платить владелец, но это тоже можно в договоре аренды оговорить. Ежемесячно нужно составлять Акт выполненных работ.
О том, что организация, арендующая имущество у физического лица (не зарегистрированного в качестве ПБОЮЛ) , признается налоговым агентом по НДФЛ, выпущена масса разъяснений официальных органов (Письма Минфина России от 11.11.2008 N 03-04-05-01/417, от 24.12.2007 N 03-04-08-01/64, УФНС по г. Москве от 05.09.2008 N 28-11/84360, от 07.04.2008 N 28-10/033584@, от 18.01.2008 N 21-11/003426@).
Исполнение функций налогового агента арендатором означает, что организация обязана:
- вести учет доходов, полученных физическим лицом, по форме 1-НДФЛ (п. 1 ст. 230 НК РФ) ;
- исчислять налог нарастающим итогом с начала года по итогам каждого месяца с зачетом удержанной в предыдущие месяцы текущего налогового периода суммы налога (п. 3 ст. 226 НК РФ) ;
- удерживать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате (п. 4 ст. 226 НК РФ) ;
- перечислять в бюджет суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня фактического получения в банке наличных средств на выплату арендной платы (не позднее дня перечисления дохода на счет налогоплательщика) (п. 6 ст. 226 НК РФ) ;
- ежегодно не позднее 1 апреля представлять в налоговый орган по месту своего учета сведения о доходах физических лиц, суммах начисленного и удержанного налога по форме 2-НДФЛ (п. 2 ст. 230 НК РФ) ;
- выдавать по заявлению физлица справки по форме 2-НДФЛ (п. 3 ст. 230 НК РФ) .
В связи с тем что все перечисленные обязанности выполняет налоговый агент - арендатор, физическое лицо - арендодатель не обязано самостоятельно уплачивать налог и представлять в налоговый орган налоговую декларацию. Обязанность по уплате НДФЛ считается исполненной налогоплательщиком со дня удержания суммы налога налоговым агентом (пп. 5 п. 3 ст. 45 НК РФ) .

Кредит оплачивает владелец машины - т. е. ваш Руковдитель.
А вот надо заключить с ним договр аренды - и олачивать ему суииу. Не забывайте про НДФЛ с аренды!
И еще вы можете списывать ГСМ по норме на себестоимость.

конечно он будет платить кредит, он же брал машину и в банке договор и ним заключен и транспортный налог тоже он будет оплачивать, тк собственником транспортного средства является он, те организация