Выплата при сокращении

должны заплатить за 3 месяца. А помоему в отпуске или на больничком нельзя сокращать, поэтому должны сократить сразу после отпуска.

Перерасчет отпускных делаете.
В день увольнения выплачиваете зарплату (которой по всей видимости не будет) , компенсации отпуска тоже не будет, т. к. отгулян полностью, по среднему заработку оплачиваете следующий месяц.
Потом ждем 2 месяца со дня сокращения. Сотрудник приходит и если приносит трудовую без записи о новом месте работы - начисляете и выплачиваете по среднему за второй месяц.
Ждете еще месяц - сотрудник приходит снова - приносит трудовую без записи о новом месте работы и справку из службы занятости о том, что он встал на учет в течение 14 КАЛЕНДАРНЫХ дней с момента сокращения - начисляете и выплачиваете средний за третий месяц.
Тех, кто говорит про "выплатите сразу" не слушайте!

Прекращение трудового договора

Руководство организации может расторгнуть трудовой договор и до истечения двух месяцев с письменного согласия работника. При этом ему выплачивается дополнительная компенсация за время, оставшееся до истечения срока предупреждения, в размере среднего месячного заработка (ч. 3 ст. 180 ТК РФ) .
В течение срока предупреждения работник, должность которого подлежит сокращению, может самостоятельно выразить желание уволиться ранее установленного срока либо по собственному желанию, либо в порядке перевода к другому работодателю. В таком случае трудовой договор расторгается без дополнительных компенсаций.

Увольнение в связи с изменением штатов (сокращение) в период нахождения работника в очередном отпуске или на больничном категорически запрещается. Приказ может быть от какого угодна числа, но он вступает в силу с момента выхода работника на работу. Кроме того, с момента уведомления и до момента реального увольнения должен пройти календарный месяц (!), и не в коем случае не меньше. В день увольнения сотрудник должен получить все (!) причитающиеся ему заработаные деньги и трудовую книжку. За каждый день просрочки - довольно приличная неустойка (процент от суммы задолжности) . Компенсация при увольнении - средний заработок за три (!) месяца. Может быть выплачен единовременно, или выплачиваться еже месячно три месяца ( но лучше сразу) . И не идите на поводу у работодателя. Перерасчет за отпуск делать не должны - увольнение не по иннициативе работника, а в силу решения работодателя.