Подскажите, на каком основании налоговая хранит подлинник Устава ООО у себя, выдавая на руки только заверенную копию?

А вы у них не спрашивали? По идее они не имеют такого права. Обратитесь к юристам

может наоборот у них заверенная копия, а у Вас оригинал?

Статья 50 Закона об обществах с ограниченной ответственностью ООО в редакции Федерального закона от 30 декабря 2008 г. N 312-ФЗ – хранение документов общества с ограниченной ответственностью

1. Общество обязано хранить следующие документы:
договор об учреждении общества, за исключением случая учреждения общества одним лицом, решение об учреждении общества, устав общества, а также внесенные в устав общества и зарегистрированные в установленном порядке изменения;
протокол (протоколы) собрания учредителей общества, содержащий решение о создании общества и об утверждении денежной оценки неденежных вкладов в уставный капитал общества, а также иные решения, связанные с созданием общества;
документ, подтверждающий государственную регистрацию общества;
документы, подтверждающие права общества на имущество, находящееся на его балансе;
внутренние документы общества;
положения о филиалах и представительствах общества;
документы, связанные с эмиссией облигаций и иных эмиссионных ценных бумаг общества;
протоколы общих собраний участников общества, заседаний совета директоров (наблюдательного совета) общества, коллегиального исполнительного органа общества и ревизионной комиссии общества;
списки аффилированных лиц общества;
заключения ревизионной комиссии (ревизора) общества, аудитора, государственных и муниципальных органов финансового контроля;
иные документы, предусмотренные федеральными законами и иными правовыми актами Российской Федерации, уставом общества, внутренними документами общества, решениями общего собрания участников общества, совета директоров (наблюдательного совета) общества и исполнительных органов общества.
2. Общество хранит документы, предусмотренные пунктом 1 настоящей статьи, по месту нахождения его единоличного исполнительного органа или в ином месте, известном и доступном участникам общества.

Статья 13.25 КоАП РФ Нарушение требований законодательства о хранении документов

2. Неисполнение обществом с ограниченной (дополнительной) ответственностью или унитарным предприятием обязанности по хранению документов, которые предусмотрены законодательством об обществах с ограниченной ответственностью, о государственных и муниципальных унитарных предприятиях и принятыми в соответствии с ним нормативными правовыми актами и хранение которых является обязательным, а также нарушение установленных порядка и сроков хранения таких документов -

влечет наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от двух тысяч пятисот до пяти тысяч рублей; на юридических лиц – от двухсот тысяч до трехсот тысяч рублей.

Во-во, бред: )
Можно им отдавать нотариально заверенную копию на сегодняшний день, насколько я знаю.

Похоже, что свой подлинник ООО утеряло (((

У нас брали оригинал, но при этом мы давали им их 3, один нам вернулся оригинал с отметкой налоговой о регистрации (на каждое ООО есть дела поэтому все берут в оригиналах)