действительно ли на с/ф и торг-12 должна стоять одна и та же подпись? (со стороны поставщика)

Дуркуют. Счет-фактура должен быть выписан в течение 5 дней. Внутренним регламентом организации определяется, кто, когда и как оформляет документ. Вполне возможна ситуация, когда ТОРГ-12 выписывается, скажем, на пункте погрузке товаров, а счет-фактура - через 3 дня в офисе за 1000 км от пункта погрузки. Разумеется будут стоять разные подписи. Но если не хочется ссориться с контрагентом из-за такой ерунды, может, имеет смысл сделать так, как им хочется ;)

бухгалтерия не права. первичные документы подписывает уполномоченное лицо. и если отпускает со склада кладовщик, то должна стоять его подпись в накладной. Учитывая, что каждый конкретный работник организации совершает тот или иной вид хозяйственных операций на основании установленной должностной инструкции, то, в указанных строках формы N ТОРГ-12 должны стоять подписи тех лиц, которые и будут непосредственно исполнять операции по отпуску груза в соответствии с организационной структурой организации. Это могут быть, например, менеджер (отпуск груза разрешил) , кладовщик (отпуск груза произвел) . При этом в строке "Главный (старший) бухгалтер" должна стоять подпись лица, исполняющего обязанности главного (старшего) бухгалтера
В силу п. 3 ст. 9 Закона N 129-ФЗ перечень лиц, имеющих право подписи первичных учетных документов, утверждает руководитель организации по согласованию с главным бухгалтером. руководитель организации может передать часть своих полномочий (в частности, право подписи первичных документов) другому лицу.

Да ну фигня какая-то... .
А если я доверяю накладные за директора и буха подписывать одному сотруднику, а с-фактуры другому.... Чего она тут споет?

на счете-фактуре обязательны подписи руководителя и главного бухгалтера