Открываем транспортную компанию. Какую форму налогооблажения выбрать?Большая часть клиентов оплачивает НДС.

ООО легче.

Проверьте, в вашем регионе не на ЕНВД ли эта деятельность. если нет, просчитайте- автомобили покупаете или берете в аренду, если в аренду- тот кто вам сдает их- с НДС работатют или нет. ваши основные расходы- топливо и ремонт а/м. в вашем регионе автосервис на ЕНВД или нет- опять же с НДС или нет. короче, просчитайте возможный входной НДС

исходить нужно из того - будет ли у Вас входящий НДС?? ? наверное нет.. .
получается лучше упрощенку (или вмененку) , а для организаций работающих с НДС, составьте правильный договор (например, договор аренды транспортного средства с НДС) и оплатите сумму НДС в бюджет...

Никакой УСН! Только обычная!
Вам заплатили с НДС, вы сбросили на "помойку" вам дали доки на НДС + получили всё налом. НДС весь закрыт. И налом расплатились с кем хотели. Всё!

согласна с Евгением Гармаевым практически во всем ( но про ЕНВД все же проверьте - его не выбирают, он сам приходит в случае определенных видов деятельности) . И конечно наймите грамотного бухгалтера, а то несдача среднесписочной - окажется цветочками. Я бы не стала рекомендовать никакую систему налогообложения - исходя из той только информации, что вопросе.

И еще вопрос к ОльКЕ - если организация на УСН составит с заказчиком договор аренды транспортного средства с НДС, то сможет ли заказчик принять этот НДС к вычету и почему?

Вам будет правильным ООО на упрощенной системе налогообложения.

какая помойка? ) люди не знают какую систему выбрать, вы им советуете с помойками связываться, они так сядут через год-два. енвд сразу нет, если мне память не изменяет это не попадает под енвд. наймите бухгалтера заранее, пускай консультирует, ато потом всеравно среднесписочную не отправите, об открытии счета не уведомите и будете тут спрашивать "что мне делать? "