Директор в положении и уходит в отпуск, может ли он ИП отдать в управление компанию и как это оформить?

Да, может.
Согласно статье 42 Закона об ООО
в компанию может быть назначен внешний управляющий (управляющая компания) . Для этого необходимо провести собрание учредителей (или решение единственного учредителя) , на котором и будет принято решение о передаче управления этому ИП, составлен договор с ИП об оказании индивидуальным предпринимателем услуг по управлению компанией, описаны все права, обязанности, функции, вознаграждение, расторжение, срок, штрафные санкции - как минимум - и все остальное. Права и обязанности не должны противоречить статьям Закона об ООО о единоличном исполнительном органе, например, 40, 42, 44. После оформления решения и подписания договора ИП может приступать к выполнению обязанностей. При этом надо будет внести соответствующие изменения, например, карточку с образцами подписи заменить.
Например, образец договора http://forum.lusnikov.com/viewtopic.php?p=10597&sid=518b437403d1cbfec7ef5029e7876248

Статья 42. Передача полномочий единоличного исполнительного органа общества управляющему

1. Общество вправе передать по договору осуществление полномочий своего единоличного исполнительного органа управляющему.
2. Общество, передавшее полномочия единоличного исполнительного органа управляющему, осуществляет гражданские права и принимает на себя гражданские обязанности через управляющего, действующего в соответствии с федеральными законами, иными нормативными правовыми актами Российской Федерации и уставом общества.
3. Договор с управляющим подписывается от имени общества лицом, председательствовавшим на общем собрании участников общества, утвердившем условия договора с управляющим, или участником общества, уполномоченным решением общего собрания участников общества, либо, если решение этих вопросов отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества, председателем совета директоров (наблюдательного совета) общества или лицом, уполномоченным решением совета директоров (наблюдательного совета) общества.
http://www.consultant.ru/popular/ooo/48_5.html#p897

Если в декрет уходит, то это ОНА ...

Вы хотите сэкономить на налогах на Зп? Так устройтесь на пол-ставки.

как вы себе это представляете? а не может ип, как простое физ. лицо-на время декрета дира, устроиться на полставки в енто ооо... в чем проблема? и управляйте на здоровье...