Выручка от иностранной компании поступила на счёт организации как оплатить НДС? Выручка поступила в валюте.

на момент поступления денег на Валютный счет-делайте конвертацию в рубли.

При получении налогоплательщиком оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) налоговая база определяется исходя из суммы полученной оплаты с учетом налога. В налоговую базу не включается оплата, частичная оплата, полученная налогоплательщиком в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) :
длительность производственного цикла изготовления которых составляет свыше шести месяцев, при определении налогоплательщиком налоговой базы по мере отгрузки (передачи) таких товаров (выполнения работ, оказания услуг) в соответствии с положениями пункта 13 статьи 167 настоящего Кодекса;
которые облагаются по налоговой ставке 0 процентов в соответствии с пунктом 1 статьи 164 настоящего Кодекса;
которые не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) .

На экспорт ставка НДС=0. Поэтому НДС начислять только при отгрузке, а к вычету его брать после подтверждения 0 ставки.

не факт, что надо платить нДС. Читайте договор и НК РФ.
если все-таки платить, то в рублях

Процедура получения НДС настолько сложна, что многи ЮЛ отказываются заниматься экспортом, а те кто нашёл контакты с казначейством ценятся на рынке как важные партнёры.
Понятно объяснил?

Я Вас поздравляю кроме НДС еще и с суммовыми, возможно и с курсовыми разницами, а это потянет за собой разницу в прибыли, НДС и Ф-2, а следовательно придется в налоговой объяснять почему разница. С экспорта НДС не платится (НДС 0%), а входящий поставите на возмещение когда соберете ПИК. Вообще по этому поводу нужно почитать НК РФ, при экспорте-импорте очень много ньюансов. Удачи!