Есть вопрос счет-фактура

не сосем верно. см. порядок заполнения новой счет-фактуры. по графам. http://www.diadoc.ru/docs/e-invoice/example Правильно-так: "Российский рубль, 643"

если их камералят каждый квартал в налоговой с песнями и плясками, то я их вполне понимаю.
зачем давать малейший повод в отказе НДС. Переделайте счет-фактуру.

Вы действительно для начала изучите порядок заполнения. Им же НДС к вычету предъявлять. Всё должно быть правильно заполнено.

Даже если они не правы, что вам стоит переделать с-ф как они просят? Ведь ничего больше не поменяется - ни сумма ни дата. Вы поймите, что выданную им с-ф налоговая будет тщательно проверять и придраться можно к любой букве.

Посмотрите как заполняет 1С, За 1 квартал можно было выставлять как новую так и старую, и вообще переделайте и забудьте, зачем спорить по таким мелочам.

Если есть такая просьба от покупателя - исполните ее, т. к. и в дальнейшем придется в некоторые документы вносить коррективы. Если нет возможности исправить в самой программе (а описанная Вами проблема - не придирка покупателя, а законное требование) , то пока вносите исправления в самой печатной форме, правда после закрытия документа исправления не сохраняются, но это быстрый выход из ситуации: создали док, открыли печатную форму, исправили, что нужно, распечатали, провели при закрытии.

а есть рубли не рф?
все заполняется по стандартам.
Не нашли в Консультанте, поищите тут http://buh.ru/