Начисление пеня как доход за невыполнение условий договора. .Как отразить в декларации по НДС

Пеня - это не доход, а штрафные санкции.
К НДС никакого отношения не имеет.

Если вы выписали счет-фактуру для заказчика с выделенной суммой НДС, то на эту сумму увеличивается ваша декларация по НДС.
Р. S. не непосвященных.
Пени при нарушении условий договора облагаются НДС (ст. 162 п. 1 п/п 2 НК РФ, письмо Минфина РФ от 11 января 2011 г. N 03-07-11/01).

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО
от 14 февраля 2012 г. N 03-07-11/41

В связи с письмом по вопросам применения налога на добавленную стоимость в отношении предусмотренных договором сумм штрафных санкций, полученных исполнителем, оказывающим услуги, Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики сообщает.
Согласно пп. 2 п. 1 ст. 162 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налоговая база по налогу на добавленную стоимость увеличивается на суммы, полученные за реализованные товары (работы, услуги) в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг) .
По мнению Департамента, суммы штрафных санкций, полученные исполнителем, оказывающим услуги, за невыполнение заказчиком условий, предусмотренных договором оказания услуг, следует относить к денежным средствам, связанным с оплатой данных услуг. Поэтому указанные суммы подлежат включению в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость.
Согласно п. 1 ст. 172 Кодекса вычеты налога на добавленную стоимость производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами товаров (работ, услуг) , имущественных прав.
В соответствии с п. 18 Приложения N 5 "Форма книги продаж, применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость, и правила ее ведения" к Постановлению Правительства Российской Федерации от 26.12.2011 N 1137 "О формах и правилах заполнения (ведения) документов, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость" получателем вышеуказанных средств в книге продаж регистрируются счета-фактуры, составленные в одном экземпляре.
Учитывая изложенное, у заказчика, перечислившего исполнителю суммы штрафных санкций за невыполнение условий договора, оснований для вычета сумм налога на добавленную стоимость, исчисленных исполнителем при получении этих денежных средств, не имеется.
Одновременно сообщается, что в случае если денежные средства, полученные налогоплательщиком, не связаны с оплатой реализованных товаров (работ, услуг) , то такие денежные средства в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость не включаются.
Настоящее письмо не содержит правовых норм или общих правил, конкретизирующих нормативные предписания, и не является нормативным правовым актом. В соответствии с Письмом Минфина России от 07.08.2007 N 03-02-07/2-138 направляемое письмо имеет информационно-разъяснительный характер по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах и не препятствует руководствоваться нормами законодательства о налогах и сборах в понимании, отличающемся от трактовки, изложенной в настоящем письме.

Конечно облагается НДС, в целях налогового учета такая операция признаётся реализацией. В декларации ставите эту сумму в самую верхнюю строку раздела 3 (строка 10) и соответственно увеличиваете базу начисления, хотя в бух. учете это отражается как прочий доход на сч. 91.1, а не как обычная реализация на сч. 90 . Правда будьте потом готовы при сдаче Декларации по прибыли пояснить налоговой почему у вас выручка от реализации в декл. по НДС не совпадает с выручкой в декл по прибыли (стр. 10 Листа 02 (в прибыли эта сумма отражается по строке внереализ. доходы стр 020 листа 02.)