Оказание транспортных услуг! Я приходую в 1С оказание услуг сторонней организацией (счет 20) ,списываю реализацией услуг!

Если я правильно понимаю, у вас диспетчерские услуги (организация перевозок) . Если у вас не агентский договор, то покупку услуги вы должны проводить документом "Поступление товаров и услуг" на 20 счет с заполнением всех субконто. Реализацию услуг, вы должны проводить документом "Акт оказания производственных услуг" с заполнением всех колонок если выбран в УП "По плановым ценам" с использованием счета 20 или документом "Реализация товаров и услуг" если выбран "По выручке" без использования счета 20. В УП должно быть выбрано "производство" и 44 счет здесь ни причем. Или я что то не так поняла по вашей деятельности? Поясните подробнее.

20 счёт закрывается по определенному алгаритму, если вы оказали услуг столько же сколько потребили, т. е. все заказы или что там у вас является базой для формирования, должно всё закрыться, если некоторые заказы весят незакрытыми, то пропорционально им и останется счет 20. Т. е. грубо говоря что то не закрыто для срабатывания алгоритма закрытия счета 20 только и всего, программа не думает, она лишь сопоставляет прописанные ей условия ...смотрите что вы там выбрали в Учетной политике и так далее ;)
Т. е. сначала поймите какой алгоритм закрытия счета 20 у вас, а потом поймете почему не закрывает ;)

Если у вас торговля, то счет 44. Если производство - то 20
В остальном разницы в этих счетах нет.
По логике, если у вас перепродажа - все и поступление и продажа должны пройти через 44.
Покупка:
60 51
44 60
19 60
Продажа:
62 90
90 68
90 44
51 62
При производстве 44 замените на 20

Возможно 20 не закрывается как "незавершенное производство" или что то подобное, лучше делайте через 44.

Вы уверенны, что операция должна быть "реализация услуг"? - думаю эта операция предназначена для реализации ВАШИХ услуг кому-то, а вот ваши затраты в 1С 8 должны проводится документом - "Поступление товаров и услуг".