Каким образом закрывать подотчетные суммы, если они крупные? Что будет проходить проверки налоговой какой отчет?

Даже, если Вы на УСН от доходов, то тоже нужно все подтверждать, Дина, видимо, не в курсе, что с 2013 года бухучет обязателен для всех, в том числе и для ООО рога и копыта :-). Выдавайте в подотчет, возвращайте из подотчета. Оно-то наглядно, что деньги гоняются, но если все правильно будете оформлять, то ничего Вам за это не будет, потому как нет оснований для привлечения к ответственности. Суммы, выданные в подотчет сейчас не столько учетной политикой определяются, сколько визой руководителя на заявлении работника, это новость этого года.

Если вы на УСН и работаете от доходов, то ваши расходы ни кто проверять не будет, закрывайте как хотите. Если же "Доходы -Расходы" или же на ОСНО, то тогда расходы надограмотно подтверждать .Приходовать какой-нибудь материал, или канцтовары, короче, что можно произвольным актом списать.
В учетной политике должно быть указано, сколько дней предоставляется для сдачи авансовго отчета. По истечении этого времени неиспользованные суммы должны быть сданы в кассу. Если, допустим директор не сдает, то вы делайте приходный ордер, вроде бы как он сдал деньги, чтобы не брать с него 13% и тут же напишите расходный новый на неиспользованный остаток, чтобы этот подотчетник подписал. Тогда время отчетности, у вас передвинется.

отчет - документами о закупках

налоговая ну ооочень любит такие "умные конторы".
где директор любит взять в подотчет пару сотен тыщ.... и долго долго не возвращать

У вас в учетной политике д. б. прописано максимально сколько даете в подотчет и на какой срок.
По истечению срока неиспользованные подотчетные суммы должны сдаваться в кассу.
В противном случае бухгалтер обязан эту сумму включить в доход работнику и удержать с них 13% ндфл.