Не оплачивают проезд, т. к. электронный ЖД билет не обменяли на стандартный. Что делать?

Стандартный билет в таких случаях не нужен.
Документом, подтверждающим произведенные расходы на приобретение железнодорожного билета, с 1 января 2012 года может служить контрольный купон электронного проездного документа (билета) (выписка из автоматизированной системы управления пассажирскими перевозками на железнодорожном транспорте) , полученный в электронном виде по информационно-телекоммуникационной сети (см. письмо Минфина России от 26.04.2012 N 03-03-04/1).

Вы своей бухгалтерии скажите пусть законодательство читают. Электронный ж/д билет уже давно признан бланком строгой отчетности, и отказать Вам не имеют никакого права. И вот это им дайте почитать!
Затраты на приобретение электронных железнодорожных билетов для командированного сотрудника организация вправе учесть при налогообложении прибыли. Причем, для этого достаточно косвенно подтвердить произведенные затраты. Такое мнение высказал Минфин России в письме от 04.06.10 № 03-03-06/1/384.

Чиновники напоминают, что прямым подтверждением расходов на электронный билет являются маршрут/квитанция, оформленная на установленном бланке строгой отчетности, а также чек, подтверждающий оплату перевозки. Это следует из пункта 2 Приказа Минтранса России от 23.07.07 № 102 «Об установлении формы электронного проездного документа (билета) на железнодорожном транспорте» .

Но Минфин не против и косвенного подтверждения затрат на приобретение электронных билетов на железнодорожный транспорт. Косвенным подтверждением расходов могут служить документы, подтверждающие направление сотрудника в командировку, его проживание в пункте назначения, а также распечатки электронного билета или посадочного талона с указанием реквизитов, позволяющих идентифицировать проезд работника в командировку (фамилия пассажира, маршрут, стоимость билета, дата поездки).