НДС при УНС

В Вашем случае при заключении договора подряда между юр. лицами указывать цену нужно без НДС ,независимо от того, является ли заказчик плательщиком НДС.Платить НДС не надо никому!!!
Основание:
Если вы применяете УСН, то по общему правилу вы не должны платить НДС (п. п. 2 и 3 ст. 346.11 НК РФ).
Однако из этого правила есть исключения. Так, "упрощенцы" уплачивают НДС:
1) при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (п. п. 2, 3 ст. 346.11 НК РФ)
2) при осуществлении операций по договору простого товарищества (договору о совместной деятельности), договорам доверительного управления имуществом или концессионным соглашениям на территории РФ (ст. 174.1, п. п. 2, 3 ст. 346.11 НК РФ
3) в случае выставления "упрощенцем" счета-фактуры, в том числе по авансовому платежу, с выделенным в нем НДС (п. 5 ст. 173 НК РФ, )
Если "упрощенец" действует в качестве посредника и от своего имени реализует или приобретает товары (работы, услуги), у него возникает обязанность выставлять (перевыставлять) счета-фактуры, выделяя в них сумму НДС (п. 1 ст. 169 НК РФ). Однако уплачивать НДС в этой ситуации посредник не должен.
Следует учитывать, что "упрощенец" обязан исчислить, удержать и перечислить в бюджет НДС в случаях, когда он является налоговым агентом (ст. 161, п. 5 ст. 346.11 НК РФ).
Во всех рассмотренных случаях "упрощенец" также должен представить в налоговый орган декларацию по НДС. Подается она ежеквартально не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом - кварталом (п. 5 ст. 174 НК РФ).

Если исполнитель на УСН, то в договоре НДС не указывается, а т. к. Заказчик на ОСНО, то организация не сможет с вашего договора принять НДС к зачету, значит они и платят.

Исполнитель в договоре указывает БЕЗ НДС. Если укажите в договоре ндс, заплатите ндс в бюджет