Оплата в командировке

Может. Если например, в текущем периоде была повышена премия или размер оклада, а расчет среднего заработка исчисляется исходя из зарплаты за 12 предыдущих месяцев.

Статья 167 Трудового кодекса
РФ гарантирует сохранение за командированным сотрудником его среднего
заработка, который рассчитывается исходя из зарплаты за 12 предыдущих месяцев.
То есть главное, чтобы человек получил сумму, которая была бы не меньше средней
заработной платы. Собственно поэтому законодательство требует сохранять за
сотрудником, который находится в командировке, также премии и прочие выплаты,
предусмотренные в организации.
На практике может возникнуть ситуация, когда сохраняемый средний заработок на
период командировки может оказаться ниже текущей зарплаты работника. Такая
ситуация нелогична и может привести к негативным последствиям, так как
работнику становится невыгодно ездить в служебные командировки.
С другой стороны, для всех случаев сохранения среднего заработка применяется единый
порядок его расчета, в том числе при направлении работника в служебную командировку. Для выхода из такой ситуации работодатель может воспользоваться правом принятия решений об установлении работникам в таких ситуациях доплат, установив это в локальном нормативном акте (приказ, правила внутреннего трудового распорядка, положение об оплате и др.)

а причем тут время нахождения в командировке? Командировочные в расчете среднего заработка не учитываются. Возможно вы не отчитались за какие-то командировочные расходы и с вас удержали больше НДФЛ? Попросите ваш расчетный лист