Здравствуйте, подскажите, как получить профессиональный вычет у налогового агента после подачи им декларации.

А какой профессиональный вычет Вы имеете в виду? Не совсем понятно. .
Стандартные налоговые вычеты, установленные в ст. 218 НК РФ, предоставляются налогоплательщику одним из налоговых агентов, являющихся источником выплаты дохода, по выбору налогоплательщика на основании его письменного заявления и документов, подтверждающих право на такие налоговые вычеты.
Стандартные налоговые вычеты предоставляются налогоплательщику за каждый месяц налогового периода.
Налоговым периодом признается календарный год (ст. 216 НК РФ) .
Если в течение налогового периода стандартные налоговые вычеты налогоплательщику не предоставлялись или были предоставлены в меньшем размере, чем предусмотрено в ст. 218 НК РФ, то по окончании налогового периода на основании документов, подтверждающих право на такие вычеты, налоговым органом производится перерасчет налоговой базы с учетом предоставления стандартных налоговых вычетов в размерах, предусмотренных в ст. 218 НК РФ. Об этом говорится в п. 4 ст. 218 НК РФ.
Следовательно, налоговый агент, являющийся источником выплаты дохода, предоставляет физическому лицу стандартные налоговые вычеты лишь за тот период, на который заключен договор, и только на основании его письменного заявления и документов, подтверждающих право на такие налоговые вычеты, а также с учетом дохода, полученного этим физическим лицом с начала налогового периода.

Вы можете взять у налогового агента справку формы 2-НДФЛ и самостоятельно подать декларацию формы 3-НДФЛ за предшествующие три года.

Вы не путайте стандартные вычеты и профессиональные. Стандартные вычеты предоставляет работодатель (налоговый агент) по начисленой з/плате или вознаграждению по ГПД если вы физлицо, если вы ИП и договор заключен с ИП, то вы сами разбираетесь со своими налогами в зависимости от системы налогообложения. Профессиональные вычеты предоставляются физлицам, но не ИП, а именно адвокатам, нотариусам и прочим лицам занимающимся частной практикой. Профессиональные вычеты (тоесть ваши расходы указанные в 3НДФЛ либо 20% (нужно еще смотреть имеете ли вы право на эти 20%), либо сумма указывается на основании расходных документов) вам ни кто не будет возмещать, они поэтому и называются профессиональные вычеты, потому что предоставляются при получении дохода и заполнении декларации 3НДФЛ.