Каким образом ИП оформляет больничные листы своим работникам (продавцам)?

Если в вашем регионе действует пилотный проект ФСС по выплате напрямую от ФСС работникам, то он одинаково действует для всех работодателей региона - и ИП, и ООО и других.
Если нет пилотного проекта в регионе, то сначала ИП должен выплатить по больничному работнику, затем подать заявление на возмещение в ФСС, ФСС вернет деньги на расчетный счет.
-----------------------------------------------------------------------------------------
Общие моменты по тому, как ИП оформляет работников.
-----------------------------------------------------------------------------------------
На учет как работодатель в ФСС не позднее 10 дней с момента заключения первого трудового договора, в ПФР - не позднее 30 дней (ФФОМС там же).
-----------------------------------------------------------------------------------------
Отчеты в налоговую:
В обязательном порядке ИП с сотрудниками 1 раз в год сведения о среднесписочной численности работников в срок строго до 20 января.
2-НДФЛ - 1 раз в год до 1 апреля года следующего за отчетным периодом.
В ПФР:
отчеты ежеквартально не позднее I кв. -15.05, II кв. -15.08, III кв. -15.11, IV кв. -15.02)
В ФСС:
Форма 4 ФСС (ежеквартально не позднее Iкв. -15.04, II кв. -15.07, III кв. -15.10, IV кв. -15.01)
-----------------------------------------------------------------------------------------
Оплата налогов и взносов:
Ежемесячно НДФЛ 13% за сотрудников (платятся в день выдачи зарплаты, один раз в месяц)
Перечислить 13% от зарплаты сотрудника (удержать из зп самого работника).
-----------------------------------------------------------------------------------------------------
Нужно заплатить за работников взносы в ПФР, ФФОМС, ФСС (платятся ежемесячно не позднее 15-го числа следующего календарного месяца после зп).
Взносы платятся из средств работодателя.
Ставки стандартно: ПФР страховая часть 22%, ФФОМС - 5.1%, ФСС - 2.9% плюс травматизм обычно 0.2%, но может и больше (зависит от вида деятельности).
Есть льготные ставки по УСН (зависит от вашего ОКВЭД) http://ipipip.ru/spisok-18.php
При приеме сотрудников ИП теряет право на уменьшение налога по ЕНВД на всю сумму взносов за себя, по УСН доходы - на 50%.

таким же, как и все другие работодатели. встает на учет в ФСС в качестве страхователя и оплачивает листки нетрудоспособности в установленном законом порядке. никаких других "законов" для работодателя-ИП не существует.

Если у ИП есть наемные работники, то они зарегистрированы в ФСС. Соответственно, начисление больничных происходит на общих основаниях. Никаких исключений для ИП нет.

Под пилотный проект попадает не деятельность, а территория.