Помогите разобраться, кто сталкивался с перезачетом по УСНО!

Очень сумбурно, но попробуем разобраться.
У УСН авансовые платежи обязательны, это и в кодексе написано. У этих платежей установлены точные сроки оплаты. Минимальный налог уплачиватся только по окончанию года.
При этом начисление минимального налога не отменяет факт наличия и обязательности авансовых платежей и не меняет сроки их уплаты.

Для УСН и минимального налога государство "придумало" два кода бюджетной классификации. Поскольку они разные - с разными ставками. Соответственно, ведутся два счета:
- расчеты по УСН доходы минус расходы - отдельно
- расчеты по минимальному налогу - отдельно.
Это в бухгалтерском учете "перекинуть" сумму со счета на счет - дело двух минут и одной записи.
В налоговом - иначе. Для "перекинуть сумму с налого на налог" нужно сформировать специальное поручение и направить его федеральному казначейству. А уже оно проведет бюджетные записи: снимит деньги с одного налога и положит на другой. Чтобы эта замечательная операция могла произойти, в том налоге, с которого деньги будут снимать, должна быть переплата. Реальная переплата, причем не в будущем, а сейчас - в момент принятия решения о зачете.
И здесь мы упираемся в наличие у налогов конкретных сроков начислений и уплат.
На счете "УСН доходы минус расходы" у Вас отражено:
25.04.2015 - начислен авансовый платеж
25.07.2015 - начислен авансовый платеж
25.10.2015 - начислен авансовый платеж
31.03.2016 - уменьшена сумма авансовых платежей
На счете "минимальный налог" отражено:
31.03.2016 - начислен минимальный налог.
Отсюда: переплата по минимальному налогу (если она действительно есть) выявляется только после того, как "встало" начисление - после 31.03.2016. О переплате авансовых платежей можно реально говорить только после последнего начисления - после 31.03.2016.
До этой даты распоряжаться авансовыми платежами - неразумно.
Так что вопрос первый: когда именно Вы подали декларацию и писали заявление на зачет?
Далее:
- как Вы провели начисления? Авансовые платежи начисляли? Сумма оплаченных в течение года авансов этому начислению соответствует?
- что конкретно Вам ответили на это заявление? "Исчисленный налог зачли на УСНО" - совершенно непонятная фраза;
- что, куда и в какие сроки Вы платили? Поскольку совершенно непонятно, как могла образоваться переплата на минималке в том раскладе, который Вы приводите.
- пени где? на минималке?

Пока мы не разберемся, что, куда и в какие сроки начислялось и уплачивалось, про пени нчего не скажешь.
Хотите - пишите в личку, будем разбираться, но конкретно.
К слову: проведение камеральной проверки декларации - не повод в отказе в зачете (единственное исключение НДФЛ и НДС)

У меня простой вопрос - как вы допустили убыток, т. е вышли на минималку?
Если у вас на начало года на р/с было, допустим, 100 тысяч рублей и в январе вы истратили эти деньги на зарплату и налоги, то эти расходы нельзя ставить в уменьшение УСН