Налог с физ. лица.

Я бы не платил и так правительство качает мою нефть и ресурсы, а мне ничего не даёт.

ИП налог не удерживает. ФЛ по итогам года рассчитывает и подает декларацию. Если он за год больше имущества не продавал, кроме как на эти 250 тыс., то оформляет вычет и налог не платит. Если ещё что-то продаст, то с остального 13%, т. к. 250 это вычет за год, а не за раз.

Физическое лицо должно уплатить 13% от суммы дохода

Никакой налог не будет никуда взыскиваться. Продажа товара - это же вам не доход в чистом виде, а лишь обмен своей собственности в виде товара на деньги.

ип должен у физика удержать налог и заплатить в бюджет. но в вашей ситуации налог уже не удержан, а полная сумма перечислена физику. следовательно по истечению года, нужно подать справку с признаком 2. и вообще я поражаюсь как люди сначала делают, а потом думают. может проще наоборот?

В данной ситуации, ИП, как покупатель, выступает налоговым агентом, и, согласно налоговому кодексу, у него возникает обязанность по исчислению и удержанию НДФЛ с данных (физлица) доходов в налоговую. Если вы хотите получить чистыми 250тр, то в договоре должна быть указана сумма = (1) 287 356, в том числе НДФЛ 13% 37356 (без копеек).
Если нет, то (2) 250 000 в том числе НДФЛ 13% 32500.
Если операция уже имела место быть, и физлицу уже перечислили 250тр, тогда это только (1) вариант.