Будет ли государство возмещать налоговый кредит (материально) если по окончании операции он остался положительным (НДС)?

"Государство" не будет делать ничего. Потому что никакого "государства" не существует. Существует налоговая служба, а унутре ея -- территориальные подразделения, которые сплошь и рядом не соглашаются ни друг с другом, ни с буквой правил, разработанных в центральном аппарате налоговой службы.

Более по существу вопроса, описанная Вами сделка между Б и В будет совершена с нарушением правил. Компания не имеет права "решить продать товар без НДС". Если она является плательщиком НДС, она должна включать НДС во все сделки, с которых надо платить НДС, независимо от наценки или уценки, и выдавать покупателям соответствующие счета-фактуры. То есть с точки зрения компании Б ситуевина будет выглядеть так:

Покупка товара у А: 1200 р. = 1000 р. + 200 р. НДС
Продажа товара В: 500 р. = 416.67 р. + 83.33 р. НДС

Налоговый кредит будет 200 р. - 83.33 р. = 116.67 р.

(Если, конечно, я нигде не ошибся, считая в уме...)

У В, тем временем, появится кредит на 83.33 р.

Что именно конкретное территориальное подразделение налоговой службы будет с этими кредитами делать, заранее никто не знает и знать не может. Если захочет (или получит соответствующее прямое указание "сверху") -- возместит переплаченный НДС. Не захочет (или опять-таки получит указание) -- распорядится, чтобы компании предъявили эти кредиты к зачету против НДС, подлежащего оплате в следующем периоде.

Про какое государство идет речь?
Китай? Америка?