Как учитывается торговая наценка если в предприятии не ведётся 42 счет

На 41 счете может учитывать товар либо по покупной стоимости без использования 42 счета, либо по продажной с использованием 42 счета. И в том и в другом случае списывается с К41 счета ровно та стоимость, по которой было оприходование в дебет 41.
Продавать вы можете за любую цену, какую захотите, а не за покупную.
Дт90Кт41- на сумму себестоимости в вашем случае
Дт62Кт90 - на сумму продажную Ну или 50/90, если розница

Счет 42 "Торговая наценка" предназначен для обобщения информации о торговых наценках (скидках, накидках) на товары в организациях, осуществляющих розничную торговлю, если их учет ведется по продажным ценам. На счете 42 "Торговая наценка" учитываются также скидки, предоставляемые поставщиками организациям, осуществляющим розничную торговлю, на возможные потери товаров, а также на возмещение дополнительных транспортных расходов. Кредитуется счет 42 "Торговая наценка" при принятии к бухгалтерскому учету товаров на суммы торговой наценки (скидок, накидок). Суммы торговой наценки (скидок, накидок) по товарам проданным, отпущенным или списанным вследствие естественной убыли, брака, порчи, недостачи и т. п., сторнируются по кредиту счета 42 "Торговая наценка" в корреспонденции с дебетом счета 90 "Продажи" и иных соответствующих счетов. Относящиеся к непроданным товарам суммы скидок (накидок) уточняются на основании инвентаризационных описей путем определения полагающейся скидки (накидки) на товары в соответствии с установленными размерами. Сумма скидки (накидки) на остаток непроданных товаров в организациях, осуществляющих розничную торговлю, может быть определена по проценту, исчисленному исходя из отношения суммы скидок (накидок) на остаток товаров на начало месяца и оборота по кредиту счета 42 "Торговая наценка" (без учета сторнированных сумм) к сумме проданных за месяц товаров (по продажным ценам) и остатка товаров на конец месяца (по продажным ценам). Аналитический учет по счету 42 "Торговая наценка" должен обеспечивать раздельное отражение сумм скидок (накидок) и разниц в ценах, относящихся к товарам в организациях, осуществляющих розничную торговлю, и к товарам отгруженным. Счет 42 "Торговая наценка корреспондирует со счетами:
41 Товары 44 Расходы на продажу 90 Продажи 94 Недостачи и потери от порчи ценностей

Продать за что купить? Вопрос к Наибуллиной.