Все в отпуске, а деятельность ведется

Есть три варианта событий: законный, серый, бездействие.
Законный способ - предусматривает начисление зарплат за все месяцы, пока велась деятельность, что влечет за собой начисление НДФЛ и взносов, пересдача отчетов и уплату штрафов и пеней. Что может повлечь привлечение директора к ответственности за нарушение выплаты зарплаты. Вывод: вы же не самоубийца.
Бездействие - когда вам ничего не надо делать. Налоговики вам вопросов пока не задают и вряд ли зададут. Вероятность очень мала, что с вас спросят.
Серая схема - не стану вас утомлять деталями, но она законна, если заранее обзавестись бумагами. Статья 273 Трудового кодекса позволяет руководителю, являющемуся единственным учредителем, не начислять и не выплачивать себе зарплату. Так что если вы хотите оправдать свою деятельность, то назначьте себя исполняющим обязанности генерального директора, пока реальный директор по семейным обстоятельствам находился в отпуске за свой счет. Но уже обсудите тонкости с юристом, поскольку кто-то ведь подписывал документы от имени руководителя, хотя тот был в отпуске...

По первому и последнему пункту согласна с ДМ. По второму несогласна категорически! Налоговая вас обязательно подтянет за отсутствие начислений по зарплате и соответственно взносов на нее. Они очень зорко за этим следят. Поэтому в вашем случае лучше всего пойти по третьему пути.

Обратитесь к опытному бухгалтеру, он решит все вопросы с бумагами и расскажет как поступить вам. Могу посоветовать одного из хороших бухгалтеров https://аутсорсинг-бухгалтерских-услуг.рф