Двое работают заменяя друг друга, когда одна работает, другая в отпуске б/с, как в таком случае заполнить СЗВ стаж

первый вариант правильный.

Подавайте на своего работодателя в суд с компенсацией морального вреда 1,5 млн рублей.

а почему второй работник в отпуске б/с?
или у него просто выходные?

Это выглядит так: Работодатель нарушил Трудовой кодекс, заключив трудовой договор с нарушением положений кодекса, и нарушил Налоговый кодекс, уклоняясь от уплаты налогов и взносов.
Мы не можем угадать ваш график работы, то есть автоматически предполагается пятидневка. Хотя видно по вашим датам, что вероятно работники работали один месяц и один отдыхали, а это можно было бы назвать вахтовым методом, если бы работник приезжали из другого региона. Но тут надо смотреть, как вы предоставляли работнику отдых за целый месяц работы. В таком случае второй месяц считался бы выходным, а не за свой счет отпуском. Вы сами признались, что вместо оплачиваемого отпуска работодатель отправлял в отпуск за свой счет, то есть нарушал трудовой кодекс и, чтобы не платить налоги, не платил зарплату, то есть уклонялся от уплаты налогов. И если отпуска за свой счет через месяц были целый год, то сдайте отчет в ПФР и ждите неприятных вопросов от них и налоговиков о вашем странном графике.
Хотите избежать проблем, так указывайте целый год работу по трудовому, так как у вас ежемесячно были платежи, а разные суммы можете объяснить графиком 2/2 недели.

Мне в Пенсионном, правда устно, говорили, что если административные дни единичные и нерегулярные, их нужно включать в стаж полностью. Если же как в вашем случае. то исключаются из стажа. т. е. Ваш первый вариант.