Если у ИП в 4м квартал сумма налога вышла меньше6997,5, а за 3й квартал он недоплатил около 2000, можно минусовать из3?

УСН начисляется в целом за год — таков его налоговый период. Поэтому при расчете принимаются во внимание все доходы и уплаты страховых за год (с 01.01. по 31.12).
Внутри налогового периода есть отчетные периоды: квартал, полугодие и 9 месяцев.
Обратите внимание: УСН рассчитывается не поквартально, отрубом, а именно нарастающим итогом с начала года. Не надо считать каждый квартал отдельно!
Вот исходя из этого и заполняем декларацию.

Тут все относительно просто:
1. Доходы за период с 1 января по 31 марта х 6 % - страховые взносы, уплаченные в 1 квартале = аванс за 1 квартал.
2. Доходы за период с 1 января по 30 июня х 6 % - страховые взносы, уплаченные в 1 полугодии — аванс за 1 квартал = аванс за полугодие
3. Доходы за период с 1 января по 30 сентября х 6 % - страховые взносы, уплаченные в течение 9 месяцев — аванс за 1 квартал - аванс за 1 полугодие = аванс за 9 месяцев.
4. Доходы за период с 1 января по 31 декабря х 6 % - страховые взносы, уплаченные в течение года — аванс за 1 квартал - аванс за 1 полугодие - аванс за 9 месяцев = итоговый платеж.

Именно так Ваши начисления будут отражаться в карточке расчетов с бюджетом в налоговом органе — каждый отчетный период по своему сроку. За 2017 год так:
25.04.2017 — за 1 квартал
25.07.2017 — за 1 полугодие,
25.10.2017 — за 9 месяцев,
03.05.2018 — за год.
Если у Вас получилось, что в целом за год сумма выходит меньше, чем была за 9 месяцев, по сроку 03.05.2017 ляжет операция «к уменьшению».
Недостающий налог между 25.10.2017 (за 9 месяцев) и переплатой 03.05.2018 (итоговый за год), само собой, зачтется. Однако того факта, что аванс за 9 месяцев был недоплачен и в период с 26.10.2017 по 03.05.2018 существовала недоимка, это не отменит.
Пеня насчитается обязательно и избавиться от нее никак нельзя: ведь обязанность уплачивать авансовые платежи по определенным срокам установлены конкретно и четко, да и способ расчета этих авансов завязан на фактически существующих доходах. В этих случаяях налоговый кодекс (статья 58) прямо устанавливает расчет пени на неоплаченные авансы в общем порядке и исключений из этого правила нет.

Совет: пересчитайте налог как положено — не отрубом по кварталам, а нарастающим итогом с начала года. Возможно, ситация изменится.

И наконец: нет, налоговое законодательство не предусматривает возможности переноса остатка неиспользованого вычета на следуюший год при расчете УСН. Так что использовать такой остаток в 2018 году не получится — он просто «сгорает».

К сожалению, закон суров. По закону вы обязаны до 25 октября уплатить авансовый платеж в полном размере, даже если потом случилось чудо. И пени будут начислять, пока вы не доплатите 2000 р. Ваши помысли сделать взаимозачеты благородны, но надо следовать закону. Я с трудом понял, что вы там задумали зачесть и вычесть, но для бухгалтера нужны три цифры, размер авансовых платежей за 9 месяцев, размер налога по году и размер уплаченных страховых взносов, тогда получите разумный ответ. Если по итогам года у вас получится переплата налога, то будете писать заявление о возврате налога, но за 9 месяцев уплатить придется по полной без оправданий

По-русски можешь объяснить свою позицию? Что такое 5с? Не нужно писать так сумбурно! Суммы начисленного налога, как и авансовых платежей, уменьшаются на суммы уплаченных страховых взносов в отчетных периодах, как и в налоговом периоде в целом.. Что тут непонятного? Сумма пени в декларации не отражается.