Как доказать налоговой, что авто не использовался для нужд ИП? и какая сумма налога будет к оплате, если не докажешь?

Если у вас применялось только ЕНВД и на УСН не переходили, то у вас ОСНО.
А это НДФЛ 13% и НДС 18%.
Поэтому для ОСНО, с продажи должны были начислить НДС 18 % сверху, и если покупали авто с НДС то могли и возместить ндс с покупки, если не было ндс с покупки то со всей суммы продажи начислите. Должны были сдать декларацию по НДС. Сейчас с ндс насчитают пени и штрафы. Т. е. если цена продажи 900 тыс. без ндс, то ндс 162 тыс. .
По ндфл, если продали товар дешевле чем купили, то базы по ндфл нет 900-1200 тыс.
Но, так как автомобиль у вас не товар, а основное средство, то с момента ввода нужно было начислять амортизацию на автомобиль и ее включать в затраты при расчете по НДФЛ, а срок полезного использования для грузовиков порядка 5 лет.
*
После покупки основного средства индивидуальный предприниматель ежемесячно определяет сумму амортизации и включает ее в состав профессионального вычета (п. 3 ст. 210 и подп. 3 п. 2 ст. 253 НК РФ). Остаток несамортизированной стоимости имущества включите в состав профвычета после продажи (ст. 221 и 268 НК РФ)
assessor.ru/notebook/nalogi_ip/ip_prodaja_zdaniya_avtomobilya_os
*
Ну а если переходили на УСН, то только УСН начислите с продажи основного средства.
*
По признанию деятельности .
Вы что свои товары в магазин возили на этой машине? Или по безналу грузоперевозки осуществляли ? -если это докажут то да, у вас предпр. деятельность. Или оквэд если на грузоперевозки, на куплю-продажу машин, на аренду машин то тоже -авто в предпр. деятельности.
А если только в свой магазин товар возили и развозили покупателю -то нужно доказать что этого не было. Что к примеру, в магазин возили заказывая машину на стороне -и под это были акты и договора с тем-то. а сами покупателям вообще не развозили и на это документов нет. и тогда ифнс не докажет что использовали в предпр. деятельности..

После покупки основного средства индивидуальный предприниматель ежемесячно определяет сумму амортизации и включает ее в состав профессионального вычета (п. 3 ст. 210 и подп. 3 п. 2 ст. 253 НК РФ). Остаток несамортизированной стоимости имущества включите в состав профвычета после продажи (ст. 221 и 268 НК РФ)

Обратись в контору по бухгалтерскому обслуживания.
Они всё сделают.

По вашим цифрам платить как ни крути придётся, от налоговой ни спрятаться ни скрыться

Нужно подать декларацию 3ндфл как физическое лицо за 2017 год. Приложите к ней два договора о купле и продаже авто.

ИП расплачивается всем своим имуществом. Открыт 13г, авто в 16г, продан в 17году. Авто был куплен при наличии ИП, а значит так не прокатит.

Не совсем понимаю для чего налоговой нужно что-то доказывать, т. е. в чем конечный вопрос. Но есть такие моменты:

1. Автомобиль был куплен через 3 года после начала деятельности ИП. Т. е., как минимум, для нормального функционирования ИП 3 года не было необходимости в этом автомобиле и, следовательно, он не является необходимым для работы.

2. Автомобиль был продан уже после закрытия ИП, судя по описанию через 2 месяца. ИП при закрытии должен был погасить все налоги и пройти проверки. Потому и не понятно, зачем теперь нужно что-то доказывать налоговой.
Т. е. в момент продажи авто деятельность не велась. следовательно и автомобиль не мог в ней использоваться.

Небольшой скользкий момент: как оплачивалась покупка авто? С расчетного счета ИП? или как физ. лицо?

Касательно вопроса по исчислению налога. Будет обычный НДФЛ с разницы между покупкой и продажей. Но, в нашем случае, авто продано дешевле, чем приобретено. Таким образом выгодны нет.

Однако авто в собственности менее 3 лет поэтому обязательно подается декларация, не зависимо от того, есть ли налог к уплате (срок подачи с 1 января до 30 апреля следующего года).

Придерживайтесь принципа "Пока не доказано, не **ет, что сказано".

Умного бухгалтера использовать.

Можете

Речь идет о возможности применить имущественный вычет?
Применить имущественный вычет при продажи имущества, которое использовалось в предпринимательской деятельности нельзя. Факт того, что тс использовалось и для личных нужд значения не имеет.
Налог будут начислять по ставке 13 % НДФЛ, если будет доказано, что имущество использовалось в предпринимательской деятельности. Если не будет доказано, то необходимо будет предоставить документы, подтверждающие расходы по приобретению такого имущества. В таком случае налог будет начисляться на сумму, дохода - расходы, связанные с приобретением.
По поводу проф вычета, то его применить нельзя будет, поскольку по НДФЛ применяется только кассовый метод, метод начисления по НДФЛ не применяется. При кассовом методе ваши доходы не относятся к периоду продажи. Кроме того, не уверен, но на сколько я помню, при применении ЕНВД это невозможно.