Что делать если заказчик не вернул первичный документ?

Не стала бы так смело утверждать, что налоговой по-фигу на отсутствие первичных документов. В пояснении указать, что подписание первичных документов производится таким способом, как у вас, что фактически товар (услуга) заказчиком принят, что документ может идти почтой России длительное время. Ну и неплохо бы иметь отсканированный подписанный документ. Точнее не знаю сказать не зная причин по которой заказчик вам не вернул документ.

А что- налоговая прям спрашивает? По-моему, им по фигу на документы от покупателей. Главное, чтоб выручка в отчетах верно отражалась. Вот если нет документов от поставщика, а вы их в расходы списали- тогда да!

если есть другой документ от них, можно аккуратно подделать.
отсканировать док. с печатью, вырезать место с подписью/печатью, обратить внимание на дату, если дата попадает в вырезанный кусок, тоже аккуратно поправить.
приклеить на нужный документ, отсканировать, в редакторе стереть полоски, которые появятся от второго слоя бумаги с печатью/подписью. если неудобно стирать, то скопировать несколько раз, то есть, сначала первый раз, потом скопированный, потом следующий скопированный. раза три-четыре достаточно.
поставить свои подпись/печать, сканировать, еще раз посмотреть.
доки в налоговую уходят черно-белые.

Налоговую это может сильно интересовать только в случае встречки, если проверяют Вашего покупателя. У Вас в любом случае выручка. Если все налоги рассчитаны и уплачены с этой сделки, то налоговая особо и не посмотрит.