Как быть если организация при выплатах физлицу не хочет исполнять обязанности налогового агента?Кто должен платить ндфл?

Как указано в договоре.
Или решать вопрос в суде, если он не указан в договоре.

если вы трудоустроены официально, т.е у вас трудовой договор , подписанный обеими сторонами.. то бишь вами и организацией, в которой вы будете работать , то бремя по исчислению, удержанию и перечислению ндфл в бюджет ложится на организацию, как на налогового агента . это касается и договора гпх, только гпх это не трудовое законодательство , т.е. вы не обязаны соблюдать трудовую дисциплину , но исполнить условия договора ваша обязанность будет .. а вот сам налог удерживают из ваших доходов( вашей зп) .т.е. если вы трудоустроились на оклад, например , 50 тыров, то , как правило , пишут цифирки до налогообложения, минус 13% если вы резидент РФ, если нет, то 30%.. на основании табеля рабочего времени , вам будут ставить восьмерочки , а бухгалтер считать зп и налог .. вас совсем не касается эта кухня ... или у вас что-то другое? типа самозанятости какой-то ?

документы-суд.

Организация не может хотеть или не хотеть. Это её обязанность по НК. Если она не исполняет, заставлять её должна налоговая.

Значит ты не трудоустроен официально.

У организации это никак не получится, если они сами не захотят, их обяжет налоговая инспекци, насчитала ещё за просрочку. Но таких дураков я ещё не встречала. Может они и платят, а вы ошибаетесь?
Берете трудовой договор, выписку с карты, если зарплата на карту приходит и идете писать заявление в ИФНС , копии они сами иногда делают, но можете запастись на всякий случай.